Az adóellenőrzés során az adóügyintézőnek ellenőriznie kell az adó helyes megállapításához szükséges döntő tényeket. Továbbá ellenőrizhetik a külön jogszabályok rendelkezéseinek betartását. Ilyen jogszabályok például a számviteli törvény, vagy a számviteli eljárások.
Az EU tagországok átvették az irányelv szabályozását. Gyakorlatilag a helyzet Szlovákiában és Magyarországon is hasonló – megszűnik a harmadik országból importált termékekre vonatkozó 22 euro alatti adómentesség. A 150 eurós értékig azonban a termékek behozatala továbbra is vámmentes marad. Ehhez a döntéshez elengedhetetlen volt az áruimport-folyamat újragondolása, valamint ennek megfelelő szabályozói környezet és komplex informatikai rendszerek megteremtése.
A vállalkozás céljából beszerzett eszköz hozzáadottérték-adója a feltételek betartása mellett visszaigényelhető. Az egyik legfontosabb feltétel az, hogy a befektetett eszköz (pl. ingatlan, gépjármű, gyártási gépsor, stb.) teljes mértékben vállalkozási célokra legyen használva. Ha nem így történik, vissza kell fizetni az adó egy részét.
A tárgyi adómentesség nem választás kérdése. Ezt az adómentességet a 222/2004 számú szlovák hozzáadottérték-adó törvény biztosítja.
Az adóalany nem vette észre, hogy a forgalma meghaladta a 49.790 EUR-t, és a szlovák ÁFA regisztráció kérvényét nem nyújtotta be, vagy csak sokkal később kérvényezte. Ez azért is előfordulhat, mivel nem naptári évet kell figyelembe venni, hanem minden esetben az utolsó egymást követő 12 naptári hónapot. A külföldi személyek viszont kötelesek szlovák közösségi számért folyamodni, mielőtt megkezdik az adóköteles tevékenységüket a Szlovák Köztársaság területén. Nem ritkán nem is tudnak róla, hogy ilyen kötelességük van. Mindkét esetben a törvény számol az elkésett adóregisztrációval. Rendelkezik arról, hogy mi a teendő.
Az újonnan alakult szlovák cég nem válik cégbejegyzés után hozzáadottérték-adó fizetővé. A szlovák közösségi adószám megszerzése külön eljárás az adóhatóságnál. Nem csak a külföldi tulajdonú cégek nem kapják meg könnyen, hanem a 100%-ban szlovák tulajdonú cégek sem.