Az adóellenőrzés során az adóügyintézőnek ellenőriznie kell az adó helyes megállapításához szükséges döntő tényeket. Továbbá ellenőrizhetik a külön jogszabályok rendelkezéseinek betartását. Ilyen jogszabályok például a számviteli törvény, vagy a számviteli eljárások.
Néha előfordul olyan adóhatósági döntés, amely bírságot szab ki vagy adót vet ki az adóalanyra. Vagy csupán elutasító válasz lehet az adózó kérelmére. Az adórend szerint fellebbezés szlovák adó ügyekben lehetséges, kivéve, ha a fellebbezés lehetősége kifejezetten kizárt. A fellebbezés szlovák adórend általi szabályozásáról szól a cikk.
Sok esetben nem közvetlenül az adóalany – vállalkozó, illetve az ügyvezető kommunikál az adóhatósággal. A külföldi személyeknél szinte minden esetben másik személy megbízására kerül sor. A különböző típusú adóbevallásokat általában a könyvelők nyújtják be az adóhatóság felé, természetesen elektronikusan. Hogy ezt megtegyék, meghatalmazásra van szükségük a vállalkozó részéről.